Η βιολογική μελισσοκομία ακολουθεί τους κανόνες της ορθής μελισσοκομικής πρακτικής αλλά επιπλέον υπόκειται σε επιπρόσθετους κανόνες, υποχρεώσεις & ελέγχους τους οποίους και παραθέτουμε κατηγοριοποιημένους:
Η διέλευση του μελιού από φίλτρα αμέσως μετά την εξαγωγή του από τις κηρήθρες, στον μελιτοεξαγωγέα ,
Η έναρξη δημιουργίας των συσσωματωμάτων των σακχάρων συχνά πραγματοποιείται πάνω σε κρυστάλλους που προϋπήρχαν στο μέλι .